Struktur organisasi Badan terdiri dari :
a. Kepala Badan;
b. Sekretariat;
c. Bidang Perencanaan, Pengendalian dan Evaluasi Pembangunan Daerah;
d. Bidang Pemerintalan dan Pembangunan Manusia;
e. Bidang Perekonomian, Sumber Daya Alam, Infrastruktur dan
Kewilayahan;
f. Bidang Riset dan Inovasi Daerah;
g. Unit Pelaksana Teknis Badan; dan
h. Kelompok Jabatan Fungsional.
Kelompok Jabatan Fungsional
(1) Kelompok Jabatan Fungsional mempunyai tugas melaksanakan kegiatan berdasarkan keahlian
dan keterampilan sesuai peraturan perundang-undangan.
(2) Kelompok Jabatan Fungsional berkedudukan di bawah dan bertanggungiawab secara langsung kepada Pejabat Pimpinan Tinggi Pratama,Pejabat Administrator, atau Pejabat Pengawas yang memiliki keterkaitan dengan pelaksanaan tugas jabatan fungsional berdasarkan jenjangnya sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.
(3) Kelompok Jabatan Fungsional sebagaimana dimaksud pada ayat (1) memiliki tugas memberikan pelayanan fungsional yang berdasarkan keahlian dan keterampilan sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.
(4) Jenis dan jumlah Jabatan Fungsional ditetapkan sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.
(5) Jumlah tenaga fungsional ditentukan berdasarkan kebutuhan, beban keda serta peraturan perundang-undangan.
(6) Pembinaan terhadap jabatan fungsional dilakukan oleh Kepala Badan melalui Pejabat Administrator yang berada dalam lingkup kerjanya.